Née en 2001 de la fusion de 11 institutions dont l’École normale, la HEP Vaud est régie par la loi HEP (LHEP). Adoptée par le Grand Conseil le 12 décembre 2007, cette loi détermine le mandat de la HEP Vaud et l’inscrit dans le cadre défini par la Conférence des Recteurs des Universités suisses et du réseau Swissuniversities.
En 1996, la modification de la Loi scolaire, baptisée "École vaudoise en mutation" (EVM), est adoptée par votation populaire. Cette réforme introduit trois filières éducatives: secondaire 2 (gymnase), secondaire 1 (scolarité obligatoire) et primaire.
En 2001, avec la création de la Haute école pédagogique (HEP) du canton de Vaud, une première loi est rédigée pour encadrer l'institution. À partir de 2004, la HEP Vaud intègre les exigences des accords de Bologne, notamment l’organisation des formations en modules et l’utilisation des crédits ECTS pour évaluer les performances des étudiants.
Les premiers programmes de Master sont lancés en 2006, et en 2007, une deuxième loi donne à la HEP Vaud le statut d’établissement de droit public, avec une personnalité morale et une autonomie renforcée. En 2010, l'institution inaugure son premier laboratoire de recherche: le Laboratoire international sur l’inclusion scolaire (LISIS).
En 2014, le Grand Conseil du canton de Vaud adopte le premier plan stratégique de la HEP Vaud, renforçant sa gouvernance. L’établissement délivre alors plus de 800 diplômes chaque année. En 2024, le troisième plan stratégique est accepté.
En mars 2019, la HEP Vaud obtient le label d'Accréditation institutionnelle de l'Agence suisse d'accréditation et d'assurance qualité, avec la mention "sans condition" – une première pour une haute école pédagogique en Suisse. Ce label garantit des diplômes reconnus à l’échelle nationale et européenne, facilitant ainsi la mobilité des enseignants diplômés.